The Callisto Protocol, beklenmedik derecede ciddi bir optimizasyon sorunuyla çıktı ve birçok oyuncu oyunun sürekli çökmesine oldukça öfkelenmişti. Hatta bu durum, Steam’de olumsuz yorum yağmuruna yol açarak oyunun puanını %22’ye kadar düşürdü. Oyuncular bununla dalga bile geçtiler ve oyuna “Takılma Protokolü” adını verdiler.

Bu büyük felaketin ardından bu sorunu çözmek için bir yama geldi ve ardından insanlar oyunu tekrar oynayabildi. Şimdi bu satırları yazarken oyun %52 puana sahip. Geliştiriciler, bu yama yüklendikten sonra yalnızca ilk başlatma sırasında geçici bir takılmaya neden olabileceğinden bahsettiler ve halen optimizasyon üzerinde çalışıyorlar.

Glen Schofield, bu felaketin arka planını açıkladı ve “yanlış bir dosyanın yamalandığını” belirtti. Bu sadece bir insan hatasıydı ve çıkış günündeki aceleden kaynaklandığı belirtildi. Schofield, bu sürpriz hayal kırıklığı için oyunculardan özür diledi. Hala bu tür sorunlarla karşılaşmayan bazı oyuncular var, ancak oyuncuların çoğu kesinlikle öfkeliydi.